قرآن دارای مراتبی است که در آیات قرآنی بیان شده است. از مراتب قرآنی، مرتبه کتاب مکنون(واقعه، آیه 78)، ام الکتاب(زخرف، آیه 4؛ آل عمران، آیه 7)، لوح محفوظ (بروج، آیه 22)، کتاب مبین و مانند آن ها است که در مراتب غیر لفظی است و اصولا در آن مراتب در علم الله است و به همین اعتبار از آن به «لدینا» تعبیر می شود.(زخرف، آیه 4) و به همین اعتبار عربی یا غیر عربی نیست؛ چون اصلا لفظ نیست.

از دیگر مراتب دیگر قرآن، مرتبه لفظ است که پس از نزول مطرح است. از آیه 3 سوره زخرف به دست می آید که این مرتبه قابل تعقل است. خداوند می فرماید: إِنَّا جَعَلْنَاهُ قُرْآناً عَرَبِیّاً لَعَلَّکُمْ تَعْقِلُونَ؛ ما به راستی آن کتاب مبین، را قرآنی عربی قرار دادیم شاید تعقل کنید.

از این آیه به دست می آید که مراتب برتر آن غیر قابل تعقل است؛ زیرا حقیقتی در دسترس عموم نیست، بلکه در مرتبه ای است که « إِنَّهُ لَقُرْآنٌ کَرِیمٌ  فِی کِتَابٍ مَّکْنُونٍ لَّا یَمَسُّهُ إِلَّا الْمُطَهَّرُونَ ، جز مطهران آن را مسّ نمی کنند.»(واقعه، آیات 77تا 79) این بدان معناست که در آن مرتبه قرآن، قابل تعقل نیست، بلکه قابل مسّ است. این بدان معناست که مراتب پایین که همان رقیقه ای از حقیقت ملکوتی هر چیزی از جمله قرآن است، قابل تعقل و تدبّر است، اما مراتب عالی آن ، به تعقل قابل دسترسی نیست؛ بلکه تنها راه دسترسی آن همان طهارتی است که از راه عبادت به دست می آید؛ زیرا عبادت موجب تقوا می شود و تقوا نیز چشم ملکوت انسان را باز می کند و انسان را به مراتب عالی می رساند و حقایقی که غیر قابل تعقل است با رویت یا مس به دست می آید. البته مسّ بالاتر از رویت است و باید آن را مرتبه عالی رویت یقینی دانست که یا مرتبه چشیدن است یا مرتبه شدن. به نظر می رسد که مرتبه دوم از یقین یعنی همان مرتبه عین الیقین که همراه با چشیدن است مراد و منظور است. پس کسی که بخواهد به مراتب عالی قرآن در ام الکتاب و لوح محفوظ برسد باید با عبادت تقوایی به مرتبه عین الیقین برسد تا تماسی میان او و حقیقت قرآن برقرار شود.

گفتنی است که قرآن در مرتبه نازله آن، قابل تعقل و تفکر است. از این روست که خداوند بارها تفکر در آیات قرآنی را مطرح می کند. می دانیم که اموری قابل تفکر هستند که در دسترس عقل است و عقل می تواند با تفکر در آن امور، علوم را در قالب علم حصولی درک کرده و با تفقه در آن با ابزارهای حسی و قلبی، حقایق را در مرتبه رقیقه به دست آورد. می دانیم که تفکر فرآیندی در عقل و ذهن است. از جمله مصادیق تفکر، کشف و درک مجهولی با معلوم است که پس از کشف و درک آن مجهول و تبدیل به معلوم، امکان کشف مجهول و درک آن فراهم می آید.

به هر حال، انسان دارای عقلی است که با تعقل و خردورزی می تواند با استفاده از ابزارهای حسی هم چون گوش و چشم و بهره مندی از قلب ، کلیاتی را نخست در مرحله خیال و سپس وهم و سپس در کلیات عقلی - انتزاعی به دست آورد و استنباط کند. این تعقل و تفکر می تواند در امور تکوینی هم چون آسمان و زمین و امور محسوس و مشهود خارجی باشد(آل عمران، آیه 191؛ یونس، آیه 24؛ رعد، آیه 3؛ نحل، آیات 11 و 69؛ روم، آیه 21؛ زمر، آیه 42؛ جاثیه، آیه 13) و یا در امور تدوینی و آیات تدوینی هم چون آیات قرآنی و قصص آن باشد.(نحل، آیه 44؛ اعراف، آیه 167)  

اما این همه، در رقیقه آن حقیقت شدنی است؛ اما در حقیقت عالی آن، چنین تعقل و تفکر شدنی نیست؛ زیرا وقتی در «کنون» و «مکنون» است، دسترسی و کشف مکنون جز با روش خاص آن شدنی نیست؛ این روش خاص بر اساس آیات قرآنی از جمله آیات 77 تا 79 سوره واقعه جز با طهارت شدنی نیست که از راه عبودیت تقوایی به دست می آید. در این زمان، خداوند است که خود تعلیم می دهد(بقره، آیه 282) و علم لدنی را به شخص می دهد که فراتر از ظواهر امور است.(کهف، آیه 65 تا 75) این گونه است که ملکوت یعنی همان حقیقت این رقیقه ظاهری عربی قرآن، قابل رویت است؛ زیرا ارایه الهی در این زمان امکان می پذیرد و به تعبیر قرآن، حقایق در قالب رویت دیده می شود: لترون(تکاثر، آیات 5 تا 7 و آیات دیگر)